这是一个全自动进行多基因联合构树的程序， 使用了ClustalW算法进行批量处理比对序列，程序使用了多线程。 可以实现fasta格式的序列文件的批量分割，合并，聚类，基因查找，基因位置导出，等等功能。
- 需要克隆这个项目到本地，前提是安装
git。下载地址
git clone https://gitee.com/theing/bio_tools.git
或者直接下载本项目到您的使用目录
-
安装MEGA-CC，因为使用的是win系统，所以需要安装这个内核，在Linux系统下不需要安装，后续有机会会开发适配Linux系统的程序。安装请选择Command Line（CC）， Windows版本安装。 下载地址
-
安装Python解释器。
-
功能介绍：有时候我们需要提取出整个序列单个基因的序列文件，可以用到这个功能。
使用：把需要分割的
fasta源文件放入source文件夹中，在bin目录中执行命令，程序会自动执行，执行完毕会在目录里生成bulid文件夹中生成相应文件名，里面存放着相应文件分割后的单基因序列文件。python split_seq.py
-
功能介绍：有时候我们需要多个物种的同一个基因写入到同一个
fasta文件中，此时可以用到这个命令（都是批量的，后续如果有需求会添加聚类单个基因的选项）。添加功能，可以自动查找可用于多基因联合构树的基因，导出到use目录下。使用：把需要分割的
fasta源文件放入source文件夹中，执行命令会在目录里生成bulid文件夹，默认名称为sequence + geneName,在bin目录下执行：python class_seq.py
-
功能介绍：在聚类出相同的基因后可以用这个功能进行批量的比对，默认使用MEGAX内核集成的
ClustalW算法对蛋白质进行比对，程序使用了多线程，相比上一个版本大幅缩短了比对的时间。使用：默认读取目录为
\bulid\class\use\,为聚类的输出目录，后续看需求是否增加选项，在bin目录下执行。python align_seq.py
-
功能介绍：当时聚类了很多的单基因后得到了很多的多个物种的单基因文件，比对后又得到很多的比对后的文件，此时又要把这些只有一个基因的的序列文件合并成，一个物种的整条序列。可以用到这个功能，基本是聚类的逆向工程。为什么要写这两个功能，因为如果直接排序基因参与比对的话算法似乎不准确，得到的序列大多参差不齐，所以需要拆分这些基因单独的进行比对，然后再合并成一个物种的整个序列，得到比对好的序列，可直接拿来建树。
使用：默认读取的单基因
fasta文件为bulid\megax\aligned中，会在bulid\marged中生成合并并排序好序列的fasta文件，在bin目录下执行。python merge_seq.py
-
功能介绍：有时候我们得到一个整个序列只有ATCG的序列文件，没有标注基因头信息，可以用到这个功能。
需要的头信息可以在文件里面更改。或者提供csv表格，每行的第一格为基因名称，第二格为起始位置，第二格为终止位置，第三格(
+/-)为正序或互补序列。注意：
-
dataInfor为csv文件，格式如trnH-GUG,2,75,-, psbA,421,1482,-, trnK-UUU,1782,1816,-,exon2 matK,2092,3612,-, trnK-UUU,4377,4413,-,exon1 -
source中fasta文件未标注的序列中第一行标注结尾为[]，没有请自行添加使用：把已经有的
csv文件，添加到dataInfor文件中命名为lable.csv，把对应的基因序列文件放在source文件夹中，在bin目录下终端中执行命令，执行程序可在bulid文件夹中生成标注好的fasta格式的文件python autoLable_seq.py
-
功能介绍：有时候我们需要几个物种的好几个基因参与比对，但是基因的位置方向不一致，可以用到这个功能。
使用：把需要排序基因的物种的
fasta格式的文件通通放入source文件夹中，执行就可以了。会在bulid文件夹中生成相应文件名的，基因方向一致的fasta格式的文件。注意： 基因顺序为首字母顺序排序。
python sort_seq.py
如果该程序帮助到您，请给一刻五角星收藏，感谢对开源的支持。